Theo kết quả điều tra chăn nuôi thời điểm 1/01/2018, toàn tỉnh có 502.748 con lợn, trên 4,6 triệu con gia cầm.

Theo kết quả điều tra chăn nuôi thời điểm 1/01/2018, toàn tỉnh có 502.748 con lợn, trên 4,6 triệu con gia cầm.Để bảo đảm vệ sinh môi trường trong chăn nuôi, tỉnh Yên Bái đã triển khai nhiều chương trình như: chương trình khí sinh học xử lý chất thải cho ngành chăn nuôi Việt Nam do Chính phủ Hà Lan tài trợ; chương trình phát triển khí sinh học Dự án Qsep do Ngân hàng Phát triển Châu Á (ADB) tài trợ đã có khoảng 8.000 hộ sử dụng hầm Biogas trên toàn tỉnh; Chương trình sử dụng đệm lót sinh thái trong chăn nuôi cũng đã được trên 80% hộ chăn nuôi gia cầm sử dụng.  Ngoài hai biện pháp xử lý trên thì một số hộ sử dụng chế phẩm EMINA do Công ty cổ phần EMINA Nhật Bản cung ứng để xử lý mùi hôi chuồng trại. Tuy nhiên, xử lý chất thải chăn nuôi vẫn còn tồn tại những bất cập khi toàn tỉnh có khoảng 70% hộ chăn nuôi, quy mô sản xuất nhỏ lẻ, manh mún, phân bố rải rác và chưa chú trọng đầu tư vào khâu xử lý môi trường. Ô nhiễm môi trường do chăn nuôi xuất hiện phổ biến ở hầu hết các địa phương trong tỉnh. Bà Triệu Thị Bích Liệu - Trưởng phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Trấn Yên cho biết: "Là huyện có phong trào chăn nuôi phát triển khá mạnh nhưng việc tiếp cận khoa học, kỹ thuật ứng dụng vào sản xuất của người dân còn hạn chế, vẫn còn tình trạng chăn nuôi theo hình thức gia trại nằm xen lẫn khu dân cư. Vì vậy, thông qua các lớp tập huấn và các hội nghị, địa phương đẩy mạnh các hoạt động khuyến nông, chuyển giao tiến bộ khoa học, kỹ thuật cho nông dân và áp dụng những mô hình chăn nuôi mới thân thiện với môi trường; khuyến khích mở rộng hình thức liên kết, đầu tư chăn nuôi quy mô trang trại, gắn tiêu thụ sản phẩm nhằm tạo chuỗi giá trị gia tăng ổn định trong chăn nuôi”.   Qua tham quan một số trang trại, gia trại trong tỉnh thì đa số các trang trại chăn nuôi tập trung và các hộ chăn nuôi quy mô lớn đã đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải, chất thải bằng hầm biogas, qua lắng lọc sau đó thải ra môi trường hoặc xử lý bằng đệm lót sinh học. Tuy nhiên, các biện pháp này chỉ có hiệu quả khi tổng đàn gia súc, gia cầm ở số lượng nhất định, nhiều cơ sở chăn nuôi tăng đàn vật nuôi vượt quá công suất thiết kế chuồng trại ban đầu gây quá tải, dẫn đến ô nhiễm. Cơ sở chăn nuôi lợn của gia đình ông Trần Ngọc Phương thôn 6 xã Vân Hội, huyện Trấn Yên thường xuyên chăn nuôi 20 lợn nái và 130 -150 lợn thịt, mặc dù gia đình ông thực hiện đầy đủ tiêu chí trong chăn nuôi như xa khu dân cư, xây dựng hầm biogas đầy đủ nhưng hàng ngày gia đình dọn vệ sinh vẫn không tránh khỏi ô nhiễm. Vấn đề xử lý chất thải trong chăn nuôi hiện nay đang gây nhiều khó khăn trong quá trình đưa chăn nuôi phát triển theo hướng công nghiệp hiện đại, bền vững, xóa dần hình thức chăn nuôi nhỏ lẻ.  Vì vậy, trong khi chăn nuôi nông hộ mang lại nguồn thu nhập chính cho các hộ nông dân thì các địa phương cần tuyên truyền nâng cao nhận thức của người dân về bảo vệ môi trường; hướng dẫn các hộ chăn nuôi nhỏ lẻ xử lý chất thải bằng phương pháp như xây hầm biogas, xử lý bằng men sinh học, đệm lót sinh học nhằm tạo điều kiện cho các nông hộ vừa tiếp tục chăn nuôi trong khu dân cư,  vừa đảm bảo các chỉ tiêu môi trường. Đồng thời, địa phương cần triển khai ký cam kết giữa các hộ dân với chính quyền cơ sở về việc bảo đảm môi trường trong chăn nuôi. Với các cơ sở chăn nuôi lớn, cần rà soát lại quy hoạch phát triển phù hợp với điều kiện sinh thái, số lượng, chủng loại để không gây quá tải. Khuyến khích, tạo điều kiện để các doanh nghiệp, các hộ dân phát triển chăn nuôi trang trại đầu tư công nghệ mới, tiên tiến về xử lý chất thải.  Quy hoạch, xây dựng vùng chăn nuôi tập trung cách xa khu dân cư; xử lý nghiêm đối với các doanh nghiệp, trang trại không bảo đảm các giải pháp xử lý môi trường. Đồng thời, khuyến khích áp dụng công nghệ cao, tổ chức sản xuất khép kín hoặc liên kết giữa các khâu, làm giảm thiểu ô nhiễm môi trường và đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm.