Theo Quyết định, Sở Nông nghiệp và Môi trường là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh; Thực hiện chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước về: Nông nghiệp; lâm nghiệp; thủy sản; thủy lợi; phòng, chống thiên tai; phát triển nông thôn; đất đai; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản, địa chất; môi trường; khí tượng thủy văn; biến đổi khí hậu; đo đạc và bản đồ; viễn thám; giảm nghèo, quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi chức năng của sở.

Sở Nông nghiệp và Môi trường có nhiệm vụ trình Ủy ban nhân dân tỉnh: Dự thảo quyết định của Ủy ban nhân dân tỉnh liên quan đến các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Sở và các văn bản khác theo phân công của Ủy ban nhân dân tỉnh; Dự thảo kế hoạch, chương trình, dự án, đề án, biện pháp tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về nông nghiệp, tài nguyên và môi trường thuộc phạm vi quản lý của Sở trên địa bàn tỉnh; Dự thảo quyết định việc phân cấp, ủy quyền nhiệm vụ quản lý nhà nước trong lĩnh vực nông nghiệp, tài nguyên và môi trường của Sở và Ủy ban nhân dân các huyện, thị xã, thành phố (viết tắt là Ủy ban nhân dân cấp huyện) theo quy định; Dự thảo quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở, chi cục thuộc Sở; dự thảo quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở theo quy định của pháp luật; Dự thảo quyết định thực hiện xã hội hóa các hoạt động cung ứng dịch vụ sự nghiệp công trong lĩnh vực nông nghiệp, tài nguyên và môi trường thuộc thẩm quyền của Ủy ban nhân dân tỉnh và theo phân cấp của cơ quan nhà nước cấp trên; Dự thảo các văn bản thuộc thẩm quyền ban hành của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh theo phân công…

Tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án, tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, định mức kinh tế - kỹ thuật trong lĩnh vực nông nghiệp và môi trường được cấp có thẩm quyền quyết định, phê duyệt; thông tin tuyên truyền, hướng dẫn, kiểm tra, theo dõi thi hành pháp luật về các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước được giao…

Cơ cấu tổ chức gồm 10 phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Văn phòng; Thanh tra Sở; Phòng Kế hoạch, Tài chính; Phòng Khoáng sản; Phòng Chăn nuôi, Thú y và Thủy sản; Phòng Trồng trọt và Bảo vệ thực vật; Phòng Môi trường, Khí tượng thuỷ văn và Biến đổi khí hậu; Phòng Quản lý đất đai; Phòng Chất lượng và Phát triển nông thôn; Phòng Thủy lợi.

01 Chi cục là: Chi cục Kiểm lâm.

05 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở: Văn phòng Đăng ký đất đai; Ban quản lý rừng phòng hộ Trạm Tấu; Ban quản lý rừng phòng hộ Mù Cang Chải; Trung tâm Khuyến nông và Dịch vụ Nông nghiệp; Quỹ Bảo vệ môi trường, Phòng chống thiên tai và Phát triển rừng tỉnh Yên Bái.

Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/3/2025 và thay thế Quyết định số 33/2021/QĐ-UBND ngày 17/12/2021 của Ủy ban nhân dân tỉnh về việc ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái; Quyết định số 17/2023/QĐ-UBND ngày 05/7/2023 của Ủy ban nhân dân tỉnh về việc ban hành Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Yên Bái.