Hiện nay, Yên Bái có hàng trăm bến, bãi, cảng bốc xếp hàng hóa trên hồ Thác Bà và các tuyến sông chảy qua địa bàn. Chỉ riêng trên hồ Thác Bà có gần 500 phương tiện tàu thuyền chở khách, tàu hàng, tàu khai thác khoáng sản đang hoạt động, trong đó có gần 100 phương tiện thuộc diện phải đăng ký, đăng kiểm.