Ngày 12/2/2015, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 12/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các nghị định về thuế. Trên cơ sở đó, ngày 27/2/2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 26/2015/TT-BTC (gọi tắt là Thông tư số 26) hướng dẫn nội dung về thuế giá trị gia tăng (GTGT), quản lý thuế và hóa đơn.

Ngày 12/2/2015, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 12/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các nghị định về thuế. Trên cơ sở đó, ngày 27/2/2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 26/2015/TT-BTC (gọi tắt là Thông tư số 26) hướng dẫn nội dung về thuế giá trị gia tăng (GTGT), quản lý thuế và hóa đơn.Thông tư số 20 đã bổ sung vào đối tượng không chịu thuế đối với các mặt hàng sau: - Phân bón là các loại phân hữu cơ và phân vô cơ như: phân lân, phân đạm (urê), phân NPK, phân đạm hỗn hợp, phân phốt phát, bồ tạt; phân vi sinh và các loại phân bón khác; - Thức ăn cho gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác, bao gồm các loại sản phẩm đã qua chế biến hoặc chưa qua chế biến như cám, bã, khô dầu các loại, bột cá, bột xương, bột tôm, các loại thức ăn khác dùng cho gia súc, gia cầm, thủy sản và vật nuôi khác, các chất phụ gia thức ăn chăn nuôi (như premix, hoạt chất và chất mang) theo quy định tại Khoản 1 Điều 3 Nghị định số 08/2010/NĐ-CP ngày 5/2/2010 của Chính phủ về quản lý thức ăn chăn nuôi và Khoản 2, Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 50/2014/TT-BNNPTNT ngày 24/12/2014 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; - Tàu đánh bắt xa bờ là tàu có công suất máy chính từ 90CV trở lên làm nghề khai thác hải sản hoặc dịch vụ hậu cần phục vụ khai thác hải sản; máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ khai thác, bảo quản sản phẩm cho tàu cá có tổng công suất máy chính từ 90CV trở lên làm nghề khai thác hải sản hoặc dịch vụ hậu cần phục vụ khai thác hải sản; - Máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp gồm: máy cày; máy bừa; máy phay; máy rạch hàng; máy bạt gốc; thiết bị san phẳng đồng ruộng; máy gieo hạt; máy cấy; máy trồng mía; hệ thống máy sản xuất mạ thảm; máy xới, máy vun luống, máy vãi, rắc phân, bón phân; máy, bình phun thuốc bảo vệ thực vật; máy thu hoạch lúa, ngô, mía, cà phê, bông; máy thu hoạch củ, quả, rễ; máy đốn chè, máy hái chè; máy tuốt đập lúa; máy bóc bẹ tẽ hạt ngô; máy tẽ ngô; máy đập đậu tương; máy bóc vỏ lạc; xát vỏ cà phê; máy, thiết bị sơ chế cà phê, thóc ướt; máy sấy nông sản (lúa, ngô, cà phê, tiêu, điều...), thủy sản; máy thu gom, bốc mía, lúa, rơm rạ trên đồng; máy ấp, nở trứng gia cầm; máy thu hoạch cỏ, máy đóng kiện rơm, cỏ; máy vắt sữa và các loại máy chuyên dùng khác. Điểm a.8, a.9 Khoản 10 Điều 7 Thông tư số 26 quy định giá tính thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, cụ thể như sau: “a.8) Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá ghi trong hợp đồng góp vốn. Trường hợp giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thấp hơn giá đất nhận góp vốn thì chỉ được trừ giá đất theo giá chuyển nhượng. a.9) Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản ký hợp đồng với hộ gia đình, cá nhân có đất nông nghiệp để hoán đổi đất nông nghiệp thành đất ở, việc hoán đổi này phù hợp với quy định của pháp luật về đất đai thì khi giao đất ở cho các hộ gia đình, cá nhân, giá tính thuế GTGT là giá chuyển nhượng trừ (-) giá đất được trừ theo quy định. Giá chuyển nhượng là giá đền bù tương ứng với diện tích đất nông nghiệp bị thu hồi theo phương án do cơ quan chức năng phê duyệt”.Điều 9 Thông tư số 26 quy định, không áp dụng mức thuế suất 0% đối với thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu. Thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu thì khi xuất khẩu không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Điều 10 Thông tư số 26 cũng hướng dẫn vật tư hóa chất xét nghiệm, diệt khuẩn dùng trong y tế áp dụng thuế suất 5% “theo xác nhận của Bộ Y tế”. Điều 14 Thông tư số 26 cũng bổ sung doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT vào công thức tính phân bổ để xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, cụ thể: “… Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được”. Điều 14 Thông tư số 26 cũng hướng dẫn về khấu trừ thuế GTGT đối với các nhóm hàng hóa chuyển sang đối tượng không chịu thuế GTGT như sau: “14a. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho sản xuất: phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào thể hiện trên hóa đơn GTGT, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phát sinh trước ngày 1/1/2015 đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định tại Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 và Thông tư này”. Điều 15 Thông tư số 26 bổ sung hướng dẫn không cần chứng từ thanh toán, không dùng tiền mặt trong trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và hướng dẫn về xác định nhà cung cấp trong trường hợp sau: “Trường hợp người nộp thuế là cơ sở kinh doanh có các cửa hàng là các đơn vị phụ thuộc sử dụng chung mã số thuế và mẫu hóa đơn của cơ sở kinh doanh, trên hoá đơn có tiêu thức “Cửa hàng số” để phân biệt các cửa hàng của cơ sở kinh doanh và có đóng dấu treo của từng cửa hàng thì mỗi cửa hàng là một nhà cung cấp”.