Thắng lợi vĩ đại của nhân dân ta trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước mãi mãi ghi vào lịch sử chống ngoại xâm của dân tộc như một trong những chiến công rực rỡ nhất, biểu tượng sáng ngời của chủ nghĩa anh hùng cách mạng. Đây cũng là thắng lợi của sự đoàn kết, phối hợp, hiệp đồng, chiến đấu chặt chẽ giữa quân đội nhân dân và công an nhân dân, trở thành truyền thống quý báu của lực lượng vũ trang cách mạng trong sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Công an Yên Bái cũng tự hào đóng góp một phần nhỏ bé trong sự nghiệp thống nhất đất nước vĩ đại của dân tộc.
Sau Hội nghị Giơ-ne-vơ (tháng 7/1954), đế quốc Mỹ đã phản bội lại Hiệp định nhảy vào miền Nam, tạo dựng bè lũ tay sai, xây dựng chính quyền bù nhìn phản động, đàn áp những người kháng chiến, hòng xóa bỏ chế độ xã hội chủ nghĩa (XHCN) trên miền Bắc Việt Nam. Đất nước ta cùng một lúc phải thực hiện song song hai nhiệm vụ chiến lược: miền Bắc tiếp tục xây dựng CNXH, làm hậu phương vững chắc cho cách mạng miền Nam; miền Nam tiếp tục cuộc cách mạng dân tộc, dân chủ nhân dân, đánh đổ ách thống trị của bọn đế quốc tay sai, góp phần thống nhất đất nước. Thực hiện âm mưu thôn tính nước ta, đế quốc Mỹ và tay sai điên cuồng chống phá cách mạng miền Nam cũng như sự nghiệp xây dựng CNXH ở miền Bắc. Từ năm 1961, chúng tung các toán gián điệp biệt kích vào miền Bắc, đặc biệt là các vùng núi phía Bắc, trong đó, có Yên Bái và Nghĩa Lộ. Dưới sự chỉ đạo sát sao của Tỉnh ủy, Công an tỉnh đã chủ động xây dựng phương án chống gián điệp biệt kích trên địa bàn toàn tỉnh; xây dựng phong trào “Bảo mật, trừ gian”, đỉnh cao là phong trào “Bảo vệ trị an”.
Do chuẩn bị tốt thế trận nên các toán gián điệp, biệt kích được tung ra miền Bắc đều bị ta đón bắt, âm mưu gây cơ sở, thu thập tin tức và phá hoại các công trình giao thông, kinh tế, quân sự quan trọng của chúng đều bị thất bại.
Điển hình, vào ngày 27/5/1961, Mỹ tung toán gián điệp biệt kích nhảy dù xuống miền Bắc. Sau 4 ngày vây bắt, quân và dân tỉnh Nghĩa Lộ, Yên Bái bắt được toàn bộ toán biệt kích mang tên “castor” nhảy dù xuống địa bàn xã Phiêng Ban, châu Phù Yên, tỉnh Nghĩa Lộ, bắt tên cầm đầu Hà Văn Chấp, dân tộc Thái. Được sự đồng ý và chỉ đạo của Bộ Công an, Công an Yên Bái đã lập chuyên án đấu tranh với trung tâm chỉ huy của địch ở miền Nam đạt kết quả tốt. Đây là vụ án chống gián điệp biệt kích đầu tiên và thắng lợi, rút ra nhiều bài học kinh nghiệm quý báu.
Vụ thứ 2, vào ngày 7/6/1963, lực lượng Công an tỉnh đã phối hợp với dân quân đã vây bắt, gọi hàng 7 tên biệt kích thuộc toán “Belo” do Lý Văn Choi làm toán trưởng, xâm nhập vào vùng Phong Dụ, Văn Bàn, Yên Bái, với âm mưu xây dựng cơ sở, phá hoại đường sắt từ Trái Hút đi Bảo Hà. Được sự đồng ý của Bộ Công an, Ty Công an Yên Bái đã lập chuyên án đấu tranh. Sau hơn 4 năm đấu tranh, ta đã thắng lợi lớn, tránh nhiều thiệt hại về cơ sở vật chất, phương tiện; tổ chức bắt và tiêu diệt 13 tên địch, thu nhiều vũ khí, đạn dược, thuốc men…, chi viện cho chiến trường miền Nam.
Cùng với công tác đấu tranh chống gián điệp biệt kích là công tác đấu tranh chống bọn tội phạm hình sự, giải quyết các tệ nạn xã hội. Lợi dụng sự chuyển đổi nền kinh tế, sơ hở trong khâu quản lý kinh tế, sự yếu kém của của một số cán bộ làm công tác kinh tế, trình độ lạc hậu của đồng bào các dân tộc trong tỉnh, tội phạm hình sự hoạt động gia tăng, gây tác động tiêu cực đến đời sống xã hội.
Trong vòng 5 năm (1960 - 1965), tội phạm kinh tế xâm hại tài sản XHCN, tài sản tập thể làm thất thoát thóc, gạo; tệ lãng phí, thiếu tinh thần trách nhiệm của một số cán bộ cũng gây hậu quả đáng kể, cùng lúc đó, bọn giết người, cướp của, trộm cắp tài sản làm cho quần chúng nhân dân hoang mang, dao động. Tệ cờ bạc, ma chay, cưới xin và các hủ tục của đồng bào dân tộc ở vùng cao, vùng sâu, vùng xa cũng đã ảnh hưởng không nhỏ đến thuần phong mỹ tục, đạo đức xã hội của nhân dân các dân tộc, tạo ra không ít những kìm hãm trong công cuộc khôi phục và phát triển kinh tế tỉnh nhà. Trước tình hình trên, Ty Công an Yên Bái đã chủ động phòng ngừa và đấu tranh có hiệu quả đối với bọn tội phạm này. Lực lượng Công an tỉnh đã tiến hành rà soát, nắm toàn bộ số đối tượng hình sự, đồng thời lập hồ sơ những tên lưu manh, chuyên nghiệp, đưa đi tập trung cải tạo, gọi kiểm điểm, răn đe trước nhân dân hàng trăm lượt đối tượng... Công tác tấn công bọn tội phạm hình sự được lực lượng công an triển khai một cách quyết liệt, điều tra làm rõ trên 70% số vụ xâm phạm tài sản XHCN, truy thu cho ngân sách Nhà nước hàng chục triệu đồng; khám phá trên 60% các vụ án hình sự, gần 100% vụ trọng án trên địa bàn của tỉnh.
Cuộc tiến công chiến lược của quân và dân ta ở miền Nam làm cho chiến lược "Việt Nam hóa chiến tranh" của đế quốc Mỹ đứng trước nguy cơ phá sản hoàn toàn. Tập đoàn hiếu chiến Nich-xơn vội vã đưa một lực lượng lớn không quân và hải quân trở lại tham chiến ồ ạt ở miền Nam, gây ra cuộc chiến tranh phá hoại ác liệt chưa từng có đối với miền Bắc nước ta. Yên Bái cũng trở thành mục tiêu hoạt động gián điệp và đánh phá huỷ diệt bằng không quân của đế quốc Mỹ. Sân Bay Yên Bái, công trường Thủy điện Thác Bà, Ga Yên Bái... trở thành trọng điểm đánh phá ác liệt của địch. Hàng ngàn tấn bom đạn đã trút xuống địa bàn tỉnh hòng khuất phục và xóa những thành quả lao động của nhân dân.
Thực hiện chủ trương của Tỉnh ủy về nhiệm vụ quốc phòng - an ninh trong tình hình mới, Công an tỉnh đã chủ động xây dựng phương án phòng không sơ tán, tham mưu cho cấp ủy, tổ chức động viên và giáo dục tinh thần cảnh giác “bảo mật phòng gian” cho các đội dân công hỏa tuyến, thực hiện tốt nhiệm vụ “3 cử” địa phương phát động; bảo đảm ổn định tình hình không để xảy ra các vụ gây rối, bạo loạn… Lực lượng Công an tỉnh còn ngăn chặn kịp thời các hoạt động gián điệp, chỉ điểm cho giặc Mỹ ném bom phá hoại. Năm 1970, lực lượng Công an tỉnh khám phá vụ án phản động, bắt hai tên Đặng Tài Quý, Hoàng Văn Quý lợi dụng tình hình kinh tế tỉnh nhà khó khăn do chiến tranh phá hoại và việc chấp hành sai lệch chính sách hợp tác xã của một số cán bộ cơ sở, tuyên truyền, lôi kéo một số người vào tổ chức lấy tên là “Đảng thiểu số”, âm mưu phá kho thóc của hợp tác xã, tiến đánh công an huyện, huyện đội, giết cán bộ, lập chiến khu. Năm 1973, lực lượng công an đã tiến hành dập tắt việc “Xưng đón vua” ở huyện Mù Cang Chải. Đầu năm 1974, tại công trình Thủy điện Thác Bà, xảy ra vụ nhen nhóm tổ chức phản động lấy tên là “Ủy ban Cách mạng công nông binh Việt Nam” do tên Nguyễn Thanh Mai cầm đầu. Mai là cán bộ Nhà nước, có cương vị lãnh đạo, do bất mãn, tiêu cực nên dẫn đến con đường chống lại cách mạng.
Ngày 7/2/1974, Mai đã khởi thảo lời kêu gọi với danh nghĩa “Ủy ban Cách mạng giải phóng công nông binh toàn quốc”, gọi tắt là “Công nông binh đỏ”; đồng thời, vận động, lôi kéo 11 tên khác tham gia vào tổ chức. Bọn chúng đã may cờ, hội họp nhiều lần, âm mưu hoạt động của chúng là tuyên truyền vào lực lượng quân đội và ngày 1/5/1974, sẽ bạo loạn lật đổ chính quyền, gây thanh thế. Với cương vị lãnh đạo phòng hành chính bảo vệ, Mai chuẩn bị 6 khẩu súng K44, 100 viên đạn để hành động. Tháng 4/1974, kế hoạch phá án được phê duyệt. Ty Công an Yên Bái đã tổ chức bắt Nguyễn Thanh Mai và 11 tên khác, thu toàn bộ tang vật của tổ chức này. Một lần nữa, với tinh thần cảnh giác, quyết tâm cao, Công an Yên Bái tiếp tục lập công, đập tan một tổ chức phản động với âm mưu thâm hiểm.
Lực lượng Công an tỉnh còn làm tốt công tác bảo vệ nội bộ, tham mưu và cử người giúp cho thủ trưởng các cơ quan, ban, ngành, xí nghiệp thành lập bảo vệ chuyên trách. Hàng năm, Công an tỉnh tổ chức huấn luyện cho hàng 100 lượt cán bộ làm công tác bảo vệ. Trong những năm địch đánh phá ác liệt bằng không quân, khối nội bộ, cơ quan xí nghiệp trên địa bàn tỉnh không xảy ra vấn đề phức tạp; bảo vệ an toàn hàng ngàn tấn hàng hóa vận chuyển đến nơi sơ tán an toàn; phối hợp với dân quân tự vệ thành lập nhiều đội cấp cứu phòng không tại chỗ; phân công lực lượng bám trụ địa bàn, khu vực trọng điểm để kiểm tra, hướng dẫn nhân dân chấp hành quy tắc trị an thời chiến và lệnh phòng không sơ tán. Lực lượng Công an tỉnh đã phối hợp tổ chức bảo vệ an toàn về người, tài sản Nhà nước, tài sản của nhân dân, huy động 11.676 ngày công bảo đảm cứu chữa cho Sân bay Yên Bái hoạt động liên tục, vận động và cùng nhân dân toàn tỉnh đào đắp 227.056 hầm cá nhân, 634.403 hầm tập thể, 1.368 hầm cất giấu máy móc, 17.082 hầm cất giấu tài liệu, gần 295km đường giao thông hào…
Khi bom địch dội xuống địa bàn tỉnh Yên Bái, bất chấp sự nguy hiểm đến tính mạng, cán bộ, chiến sỹ công an đã dũng cảm luồn lách dưới mưa bom, lửa đạn, lao vào cứu người, cứu tài sản Nhà nước, tài sản của nhân dân, đào bới hầm sập, nhà đổ, dập tắt đám cháy do bom Mỹ gây ra, khắc phục hậu quả, nhanh chóng ổn định sản xuất. Trong cuộc đấu tranh quyết liệt và đầy nguy hiểm với bọn tội phạm hình sự, các chiến sỹ công an đã thể hiện tinh thần mưu trí, dũng cảm, kiên quyết tấn công tội phạm, khám phá nhiều vụ án lớn được lãnh đạo tỉnh đánh giá cao và để lại dấu ấn tốt đẹp trong lòng nhân dân.
Trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước, Công an tỉnh có gần 100 đồng chí lên đường chi viện cho chiến trường miền Nam, nhiều đồng chí đã lập công xuất sắc, có đồng chí hy sinh một phần xương máu nơi chiến trường... Công an tỉnh đã xây dựng và duy trì hiệu quả phong trào “Toàn dân bảo vệ an ninh Tổ quốc”, phối hợp chặt chẽ với quân đội nhân dân, xây dựng thế trận an ninh nhân dân, quốc phòng toàn dân vững chắc, góp phần cùng Đảng bộ, chính quyền, các lực lượng vũ trang và nhân dân đánh thắng cuộc chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, hoàn thành nhiệm vụ lịch sử giải phóng dân tộc và thống nhất nước nhà do Đảng ta lãnh đạo, mở ra bước ngoặt vĩ đại, đưa cả nước đi lên CNXH.