Hết năm học 2016 - 2017, toàn huyện Văn Yên có 58 cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông (trong đó có 56 cơ sở công lập, 2 cơ sở mầm non tư thục) với quy mô 1.029 nhóm, lớp; huy động 29.484 học sinh đến lớp. So với thời điểm cuối năm học 2015 - 2016 (trước khi sáp nhập), giảm 29 trường, 6 điểm trường lẻ.