Trong hệ thống giao thông đường thủy nội địa ở Yên Bái, ngoài hồ Thác Bà rộng lớn còn có hệ thống đường sông với tổng chiều dài gần 200 km, trong đó sông Hồng khoảng 115 km, sông Chảy khoảng 83 km với hàng trăm phương tiện hoạt động vận tải chở khách và hàng hóa.