Huyện Văn Yên có 27 xã, thị trấn, trong đó có 10 xã vùng cao, vùng sâu kinh tế khó khăn, đồng bào dân tộc thiểu số, chiếm trên 42%, giao thông không thuận lợi, dân trí thấp, hủ tục tảo hôn, hôn nhân cận huyết thống, thích đẻ con trai, đẻ nhiều con... vẫn tồn tại ở một số bộ phận người dân, gây ảnh hưởng đến lớn đến chất lượng dân số.